Latvijā klinšu ērgļi ir viena no retākajām putnu sugām, kuras skaits pēdējās desmitgadēs tomēr ir ievērojami palielinājies. Latvijā ligzdo ap desmit klinšu ērgļu pāri.
Šie ērgļi ir nometnieki, ligzdas būvē vecos kokos uz lielu augsto purvu salām un pussalām, barojas ar purvos sastopamiem putniem un vidēja lieluma zīdītājdzīvniekiem, ziemā labprāt pārtiek no bojā gājušiem dzīvniekiem.
Līdzīgi kā mazais ērglis, arī klinšu ērglis parasti audzina tikai vienu jauno putnu, atzīmējis LVM vecākais vides eksperts Uģis Bergmanis. Jaunie ērgļi tikuši apgredzenoti ar krāsainiem alumīnija gredzeniem, kas ļauj no attāluma noteikt putnu izcelsmi.