Krēmeru dabas liegumā pateicoties regulārai niedru izpļaušanai, ko veic Rīgas brīvostas pārvalde, pēc ilgāka pārtraukuma atkal sākuši ligzdot lielie ķīri – konstatēti ap 100 pāri. Šī gada apsekošanas rezultātā tika konstatēts, ka būtiskas biotopu izmaiņas ostas darbības rezultātā nav novērotas.
Putnu uzskaites pasākumi tiek veikti sadarbībā ar Latvijas Universitātes Bioloģijas institūta ornitologiem. Uzskaites rezultātā tiek iegūta informācija par putnu sugu un daudzuma izmaiņām ligzdošanas vietās, kā arī izvērtēta turpmāko pasākumu nepieciešamība putniem labvēlīgas vides nodrošināšanai. Ornitologu ziņojumā norādīts, ka lielāko kaitējumu ligzdojošajiem ūdensputniem rada nevis ostas saimnieciskā darbība, bet gan plēsēji, kuri izposta putnu ligzdas. Par galvenajiem vaininiekiem tiek uzskatītas ūdeles un lapsas, tomēr uz zemes ligzdojošos putnus apdraud arī plēsējputni no gaisa.
Rīgas ostu pavisam noteikti var dēvēt par "zaļāko" ostu Eiropā, jo 75 hektāri no Rīgas ostas ir aizsargājamās dabas teritorijas, kurās aizliegts veikt saimniecisko darbību.
Rīgas ostā atrodas divi aizsargājamie dabas objekti - dabas liegums Krēmeri un Mīlestības saliņa, kas ir daļa no Natura 2000 iekļautā dabas parka Piejūra. Turklāt ostas teritorija tieši robežojas ar dabas liegumu Daugavgrīva un dabas liegumu Vecdaugava, kas arī jāievēro, plānojot ostas darbību un attīstību.
Rīgas brīvostas pārvalde rūpējas par unikālajiem biotopiem dabas liegumos, kā arī par vides saglabāšanu citās ostas teritorijās. Regulāri tiek kontrolēts, lai zaļajās zonās nenonāktu atkritumi un tās neaizaugtu ar niedrājiem un krūmiem. Par to īpaši pateicīgi ir tur mītošie putni, kas ostas teritorijā apmetas gan sezonāli barības meklējumos, gan ligzdošanai.
Mīlestības saliņā Rīgas brīvostas pārvalde ir uzbūvējusi 12 metrus augstu putnu vērošanas torni, no kura labi pārskatāma visa sala ar mazajiem ezeriņiem un niedrājiem, kā arī Daugavas ieteka jūrā un apkārt esošie mitrāji, kas ir iecienītas putnu ligzdošanas un uzturēšanās vietas. Savukārt dabas liegumā Krēmeri, kas tika izveidots tieši putnu ligzdošanas vietu aizsardzības nolūkos, Rīgas brīvostas pārvalde regulāri veic krūmu izciršanu un niedru pļaušanu, lai radītu putniem labvēlīgus uzturēšanās un ligzdošanas apstākļus.
Vairākās vietās ostas teritorijā Rīgas brīvostas pārvalde veic speciālus pasākumus, lai radītu jaunas, vai atjaunotu agrāk pastāvējušās ūdensputnu ligzdošanas vietas. Nelielā Žurku sala, kuru par savu mājvietu ir izvēlējušies upes zīriņi, jūrasžagatas, upes tilbītes, meža pīles, pelēkās pīles un sudrabkaijas, tiek uzturēta tā, lai putniem nerastos vēlme salu pamest. Sala regulāri tiek attīrīta no krūmiem, un nodrošināts relatīvs miers ligzdošanas periodā. Savukārt Mīlestības saliņā un Krēmeru liegumā ūdensputnu kolonijām tika izvietotas mākslīgās salas un plosti.