Ir bažas, ka, ieviešot vaučeru sistēmu, mazās skolas ir vienkārši nolemtas iznīcībai, jo mazās skolas ar to finansējumu, kuru ministrija pašlaik piedāvā novirzīt viena skolēna finansēšanai, izdzīvot nevar. Ja šādā skolā ir, piemēram, jānomaina jumts, tad pie vaučeru sistēmas tam finansējuma vienkārši nebūs.
Pašlaik no ministrijas puses ir pārāk maz informācijas, kā tieši vaučeru sistēma darbosies, kādas izmaksas tajā ietilps, kas jāsedz pašvaldībai, kas ministrijai. Jebkurā gadījumā, ja lielajās skolās šī sistēma varbūt vēl varētu darboties, tad mazo skolu gadījumā par to ir lielas bažas, vai tās vispār spēs izdzīvot.