Sistēma nav efektīva, līdzekļu sadalījumu valsts budžeta studiju vietām diktē augstskolas nevis valsts, izejot no izvirzītajām attīstības prioritātēm. Akadēmiskā gada laikā līdzekļi tiek pārdalīti starp studiju programmām pēc augstskolu ieskatiem, ko nepietiekami kontrolē gan pašas augstskolas, gan atbildīgās ministrijas. Problēmas atklātas arī akadēmiskā personāla atalgojuma sistēmā un labāko pasniedzēju piesaistē. Sistēmas ilgtspēju neveicina arī fakts, ka pašlaik nav pat plāna, kā nodrošināt līdzekļus studiju attīstībai, kad beigsies ES struktūrfondu finansējums 2020. gadā.
Attīstība augstākās izglītības sistēmā ir ļoti lēna, jo drīzāk tiek uzturēts esošais līmenis nevis veicināta ambiciozu mērķu sasniegšana. Piemēram, eksakto zinātņu studiju finansējumam procentuāli nav plānots būtisks pieaugums, kaut arī tās ir Latvijā prioritāras jomas. Savukārt politikas plānošanā noteiktais augstākās izglītības iestāžu absolventu-bezdarbnieku rādītājs neraksturo absolventu nodarbinātību, jo tiek rēķināts nodarbināto absolventu kopskaits, nevērtējot, vai darbs ir iegūtajā profesijā un nozarē.
Augstākās izglītības finansēšanas sistēma, Valsts kontroles ieskatā, nav efektīva un nerada pārliecību par tās ilgtspēju. Šobrīd tā ir vērsta uz finansējuma nodrošināšanu augstskolām, nevis studijām un uz darba tirgus pieprasījumam atbilstošu speciālistu sagatavošanu.
Nevis ministrijas, bet gan pašas augstskolas nosaka, cik un kādas valsts budžeta studiju vietas būs vajadzīgas. Pašreizējā situācija pieļauj, ka valsts budžeta finansējums studiju vietām akadēmiskā gada laikā tiek pārdalīts studiju programmām pēc augstskolu ieskatiem un bieži tādām programmām, kas nesagatavo speciālistus prioritārajās jomās - inženierzinātnēs, IKT, farmācijā un lauksaimniecībā.
Ministrijas un augstskolas nav nodrošinājušas kontroli pār budžeta vietām paredzēto naudu. Daļa augstskolu nemaz nezina, cik izmaksā viena speciālista sagatavošana, daļa augstskolu maksas studijām noteikušas zemāku cenu, nekā valsts piešķirtais finansējums budžeta vietai. Lielākā atšķirība, piemēram, konstatēta doktora studiju programmai “Veterinārmedicīna”, kur Latvijas Lauksaimniecības universitāte studiju vietai noteikusi gada maksu 3200 eiro, bet vienai studiju vietai no valsts budžeta tiek piešķirti 15 458 eiro.
Laikā no 2014. līdz 2016. gadam revīzijas apjomā iekļautās augstskolas studiju procesam pēc saviem ieskatiem izmantojušas teju 6 000 000 eiro valsts apmaksātajām studiju vietām paredzēto līdzekļu, kas iegūti, neaizpildot valsts budžeta finansētās studiju vietas un pārdalot finansējumu starp dažādu līmeņu un izmaksu programmām. Iespējams, augstskolas arī no budžeta vietu līdzekļiem, finansējušas maksas studiju vietas.
Valsts kontrole arī norādījusi, ka Latvijā nav izstrādāta vienota akadēmiskā personāla atjaunošanas un pēctecības politika, lai piesaistītu labākos pasniedzējus, kas veicinātu konkurenci un celtu studiju kvalitāti. Atlīdzības sistēma un darba slodzes noteikšanas sistēma ir sarežģīta un necaurskatāma. Vienas slodzes ietvaros darbinieks pilda pat sešu amatu pienākumus, un atalgojums līdzvērtīgām amata vietām par vienu slodzi būtiski atšķiras un nereti nav saistīts ar darba rezultātiem.
Redzot, ka arī ar pašlaik pieejamajiem finanšu līdzekļiem augstākās izglītības sistēmā ir iespējams saimniekot labāk, Valsts kontrole ir sniegusi ieteikumus gan Izglītības un zinātnes ministrijai, gan Kultūras ministrijai un Zemkopības ministrijai. To ieviešanas rezultātā sabiedrība - studenti, viņu vecāki un darba devēji varētu būt droši, ka augstākās izglītības sistēma Latvijā savā attīstībā tiecas uz izcilību un sniedz vislabāko izglītību.